Prishtina në shekullin e XIX e arriti pozitën e saj qendrore nga e cila përfitoi dhe u kthye në kryqendër administrative dhe më vonë edhe kryeqendër e tërë Kosovës. Në shekullin e fundit të sundimit osman, pozita dhe statusi i Prishtinës në ndarjet administrative të territoreve europiane të Perandorisë Osmane, ndryshoi shumë herë. Në harkun e një gjysmë shekulli, Prishtina rezulton në më të shumtën e kohës si sanxhak më vete, disa herë si kaza dhe një kohë edhe si qendër vilajeti, siç mund të ndiqet sipas radhitjes së mëposhtme:  

Gjatë viteve 1846 – 1848, Prishtina ishte sanxhak i ejaletit të Shkupit.
Gjatë viteve 1849 – 1850, Prishtina ishte sanxhak i ejaletit të Shkupit.
Gjatë viteve 1851 – 1854, Prishtina ishte sanxhak i ejaletit të Shkupit.
Gjatë viteve 1855 – 1864, Prishtina ishte sanxhak i ejaletit të Shkupit.
Gjatë vitit 1865 Prishtina ishte kaza e Prizrenit, pjesë e elajetit të Shkupit.
Gjatë vitit 1866, Prishtina ishte sanxhak i ejaletit të Shkupit.
Gjatë viteve 1867–1868, Prishtina ishte kaza e Prizrenit, pjesë ejaletit të Shkupit.
Gjatë vitit 1869, Prishtina ishte kaza e Prizrenit, pjesë e vilajeit të Shkodrës.
Gjatë viteve 1870–1871, Prishtina ishte pjesë e vilajetit të Prizrenit.
Gjatë vitit 1872, Prishtina ishte sanxhak i vilajetit të Kosovës.
Gjatë viteve 1873–1874, Prishtina kaza e Prizrenit, pjesë e vilajetit të Prizrenit.
Gjatë viteve 1875–1877, Prishtina ishte kaza e Prizrenit, pjesë e vilajetit të Manastirit.
Gjatë vitit 1878, Prishtina ishte qendër e vilajetit të Kosovës.
Gjatë vitit 1880 Prishtina ishte kaza e Prizrenit, pjesë e vilajetit të Kosovës.
Gjatë viteve 1881–1912 Prishtina ishte sanxhak i vilajetit të Kosovës.¹ 

Në verën e vitit 1831, Prishtina dhe Shtimja u kthyen në arenë të një kryengritje të boshnjakëve. Kur Sulltan Mahmudi II ia dha autonominë Serbisë dhe 6 zona të Elajetit të Bosnjes, boshnjakët u rrebeluan duke u kryengritur. Mijëra boshnjakë të bashkuar zgjodhën për komandant të Bosnjes, Kapedan Husein Gradaščevićin, i cili në kry të tyre u nis drejt Kosovës ta ndeshte Reshid Mehmed Pashën, Vezirin e Madh që ishte nisur ta shuante kryengritjen boshnjake. Ky gjeorgjian i islamizuar vinte me vetëbesim në Kosovë përmes Shkupit, pasi që vetëm një vit më parë kishte shuar pothuajse gjithë parinë shqiptare, duke i masakruar në Manastir. Në verën e vitit 1831, rrugës për në Kosovë, Husein Gradaščević mori Pejën, para se t’i drejtonte rreth 52 000 kryengritës boshnjakë që i stacionoi në Prishtinë. Megjithëse me numra të barabartë, ushtria osmane ishte më superiore në armatime, andaj boshnjakët taktikuzan, duke dërguar përpara Ali Pashë Fidashiqin që sulmoi osmanët dhe u tërhoq kinse i mundur. Beteja po zhvillohej në rrethinat e Shtimes, më 18 korrik, në një ditë të hënë. Duke besuar se fitoi, Reshid Pasha i strehoi nga vapa artilerinë dhe kalorësinë në pyll, teksa kryengritësit boshnjakë të prirë nga Gradaščevići sulmuan befasisht duke e shpartalluar ushtrinë osmane. Sulmi i boshnjakëve qe aq i rrufeshëm sa u plagos edhe vet Reshid Mehmed Pasha, Veziri i Madh i Perandorisë Osmane që kishte nisur të quhej “specialist i shqiptarëve”. Më 10 gusht, kryengritësit boshnjakë u mblodhën në Prishtinë dhe propozuan që Kapedan Husein Gradaščević të shpallej Vezir i Bosnjës. Fillimisht ai refuzoi por pastaj pranoi dhe kjo u zyrtarizua më 12 shtator në një kuvend në Sarajevë. Në historinë e boshnjakëve, Kapedan Husein Gradaščević do të mbiquhej Dragoi i Bosnjes (Zmaj od Bosne), ndërsa në historiografi beteja e tij do të njihej edhe si Beteja Boshnjake e Kosovës e vitit 1831.² 

Gjatë kësaj kohe, Prishtina ishte qyteti ku u bashkuan kryengritësit boshnjakë dhe kryengritësit shqiptarë, pasi të dyja palët ishin kundër reformave të nismuara nga Porta e Lartë në Stamboll. Por ndryshe nga popullsia kryengritëse, qeveritari i Prishtinës, Jashar Pasha, nuk iu bashkua kryengritjes duke i besuar premtimit të qeverisë osmane që nuk do ta zëvendësonte me ndonjë nëpunës të huaj. Në fillim të shkurtit të vitit 1832, kryengritësit e kapën derbendin e Gjilanit dhe e kërcënuan Jashar Pashën. Ata ishin bashkuar me kryengritësit boshnjakë, hyrja e të cilëve në Mitrovicë e alarmoi Reshid Mehmed Pashën që ia dërgoi në ndihmë Jashar Pashës së Prishtinës, Mahmut Pashë Prizrenin. Përkundër disa betejave të sukseshme, kryengritësit boshnjakë dhe shqiptarë u thyen përfundimisht më 4 qershor 1832 në Pallama afër Sarajevës. Megjithatë, Prishtina ishte e trazuar edhe gjatë vitit 1833 dhe sidomos pas majit 1834, pasi banorët e fshatrave përreth nga krahina Llapit dhe e Gollakut u revoltuan kundër taksambledhësve osmanë.³ 

Vetëm katër vite më pas, në vitin 1838, Prishtinën e vizitoi gjeologu austriak Ami Boue, i cili në veprën e tij klasike në studimet turkologjike “Turqia Europiane”, e përshkruan Prishtinën kështu: “Ndërtesat e vetme të dallueshme të Prishtinës janë një kullë ore dhe dymbëdhjetë xhami, nga të cilat dy janë me një konstruksion më të lartë, në formë rrumbullake, me piktura arabeske dhe thënie të Kuranit. Një xhami e vogël ishte ndërtuar nga Jashar Pasha, i cili kishte qenë në këtë post në vitet 1837 dhe 1838. Pazari është i mbuluar me dërrasa, një kafene është në bashkimin e tri rrugëve kryesore të qytetit. Konaku i Pashait është një ndërtesë pjesërisht prej druri, ka dy krahë dhe një kat me një oborr të madh katror, korridore të gjera dhe shkallë të drunjta, siç është zakoni. Njëri krah i konakut është i pikturuar me arabeske, komunikon nga sipër rrugës me haremin, gjithashtu një shtëpi mjaft e madhe si dhe në pjesën më të madhe prej druri, të mbyllur për arsye të xhelozisë, divani i Pashait nuk kishte dritare me xhama, vendi i hapur i dritareve mbyllej thjesht nga kanate të mëdha të drunjta, gjithashtu në tavan kishte fole dallëndyshesh. Prishtina na u duk se kishte një popullsi prej 7000 deri 9000 frymë, midis të cilëve është një numër i madh serbësh ortodoksë së bashku me arnautët dhe serbët gjysmë myslimanë.”⁴ 

Me sa duket, pas vizitës së Ami Boues më 1838, në Prishtinë nuk pati ndonjë vizitorë të tillë të huaj për saktësisht njëzet vite, derisa më 30 tetor 1858, ia behu në qytet juristi dhe diplomati gjerman Johan Georg von Hahn. Të paktën kështu i tha atij nëna e pashait të qytetit, në konakun e të cilit ai buajti dy netë. Johan von Hahni e gjeti Prishtinën të mbushur me ushtarë, pasi sipas tij, ky ishte vendi i dytë pas Manastirit ku më së shumti kryheshin stërvitje ushtarake në gjysmën perëndimore të Rumelisë. Ai e përshkruan Prishtinën si të lidhur shumë me banorët e fshatrave të krahinës së Llapit dhe Gollakut, për të cilët shkruan se mbajnë kuvende të rregullta popullore, për të cilat ai mbajti këtë shënim: “Gollaku i Sipërm përfshinë 19 fshatra që i mbajnë kuvendet e tyre në xhaminë e Prapashticës. 21 fshatrat e Gollakut të Poshtëm mblidhen afër fshatit Sfircë. 20 fshatrat përreth Prishtinës nga ana e tyre mblidhen në Orllan dhe 22 fshatrat e Podujevës mblidhen në Podujevë.”⁵ 

Në një defter të veçantë të tokave, pronave dhe të të ardhurave të popullsisë, i vitit 1844-1855 (1260-1261 h), në Prishtinë janë regjistruar 1066 shtëpi me 7462 banorë. Prej tyre, 4900 banorë apo 65.66 % ishin shqiptarë myslimanë, 1673 apo 22.42 % ishin serbë ortodoksë, 868 apo 11.63 % romë dhe 21 banorë hebrenj.⁶  Kjo e dhënë statistikore përcjellë panoramën etnike të Prishtinës si një qytet me shumicë shqiptare, me pakicë serbe dhe me një komunitet të konsiderueshëm rom. Me sa duket, 21 banorët hebrenj që rezultojnë në këtë regjistër, ishin bërthamë e një komuniteti hebraik në  ngjizje e sipër në Prishtinë, që në gjysmën e dytë të shekullit të XIX u rrit duke u bërë sa gati një e gjashta e popullsisë së qytetit. Brenda një periudhe prej gjysmë shekulli, popullsia e Prishtinës u shtua për dy herë e gjysmë. Në vjetarët osman të fillimit të viteve 1900, Prishtina rezulton të ketë 22 236 banorë, që jetonin në 3690 shtëpi të grupuara në 12 lagje. Kjo ishte shifra e gjithsejtë e 18 223 banorëve myslimanë, 1786 banorëve të krishterë ortodoksë, 1922 romëve dhe 305 hebrenjëve.⁷  Kjo e dhënë për komunitetin hebraik të Prishtinës, përkon edhe me të dhënat e botuara më 1904 nga “Bulletine de l’Alliance Israelite Universelle 1904”, e cila evidenton 300 hebrenj në Prishtinë. Ato ishin vitet e fundit të sundimit osman në Ballkan dhe më 1911, kur studiuesi spanjoll i baladave sefardike Don Manuel Manrique de Lara vizitoi Kosovën, ai e regjistroi në Prishtinë edhe një këngë kastiliane që këndohej nga hebrenjtë e Prishtinës: “Una pastora yo ami”. Vargu i parë i kësaj kënge thoshte:  

Una pastora yo ami, / Një bareshë unë dikur dashurova,
Una hija hermosa, / Një vashë të bukur,
De mi chiques yo la adori, / Në fëmijërinë time unë e adhurova,
Mas que ella non ami. / Dhe asnjë tjetër përveç asaj nuk doja.⁸ 

Në vitin 1877 kur u krijua vilajeti i Kosovës, Prishtina u bë kryeqendër e tij dhe mbeti e tillë deri më 1897 kur me vendim të qeverisë osmane, kryeqendra u zhvendos në Shkup. Kjo nxiti protesta në Prishtinë dhe protestë të parisë së Prishtinës në Stamboll, por ky vendim nuk u kthye pas. Pikërisht në këtë kohë, vjen në Prishtinë si konsull i Serbisë, shkrimtari Branisllav Nushiq, i cili në veprën e tij “Kosova: Përshkrim i vendit dhe popullsisë”, ka ndërtuar një panoramë të qytetit duke e përshkruar Prishtinën ashtu siç ai e gjeti ai kur jetoi në të. “Edhe sot në Prishtinë dominojnë rrugët e ngushta e të dëmtuara, tregtia e dobët etj., por, megjithatë, ajo është vendi më i rëndësishëm në Kosovë, ose, realisht kryeqyteti i Kosovës.”⁹  Ai lavdëron kodrën e Drogodanit për vreshtat dhe veçanërisht për pamjen e gjerë të relievit që ofron, ndërsa duke shkruar për grumbullimin e banorëve në lagje, Nushiq shkruan: “Prishtina kryesisht ndahet në katër pjesë (kuarte): Panairiana, Varoshi, Lokaqi dhe Ciganlia. Në Panairianë e Lokaq banojnë të përzier serbë, turq e shqiptarë; në Varosh ka vetëm serbë, kurse në Ciganli ka serbë dhe romë. Përveç këtyre kuarteve, mesin e qytetit e përfshin Çarshia dhe që nga ardhja emuhaxhirëve e kanë krijuar edhe ata lagjen e vet të veçantë. Kurse zyrtarisht Prishtina ndahet në trembëdhjetë lagje, pa marrë parasysh ndarjen e mësipërme. Këto lagje janë: Jarari – lagjja e Ceribashit; Pirinasi, Alaedini, Hasan beu, Januz efendiu, Hasan Emini, Ramadania, Hatunija, Mehmet beu, Jusuf Çelebiu, Xhami çebiri, Xhami segiri dhe Hamidia.”¹⁰ 

Se si dukej Prishtina në këtë kohë, mund të krijohet një përfytyrim më vizual falë fotografive të shkrepura në Prishtinë që nga fundi i shek. XIX e tutje, e që janë të shumta. Në këto fotografi shihet që qyteti ishte i përqendruar në zonën ku ngrihen tri xhamitë më dominante të Prishtinës, ajo e Sulltan Muradit I në çarshin e qytetit, xhamia e Jashar Pashës pranë konakun të administrates osmane dhe xhamia e Sullltan Mehmetit II, afër pazarit. Në vitin 1873 kur qeveria osmane kishte ndërtuar linjën hekurudhore që lidhte Selanikun me Nishin, Prishtina kishte përfituar si qendra e një prej stacioneve të kësaj rruge, por në dy dekadat e para të shekullit të XX, Prishtina rezulton të ketë mbetur një qytet i rrudhur, me rrugë të ngushta e pa ndonjë infrastrukturë moderne, i prapambetur dhe provincial. Kjo mund të shihet lehtësisht në dhjetëra fotografi të qytetit të shkrepura në tre dekadat e para të qindvjetëshit të njëzet.¹¹      

Në fund të vitit 1912, Prishtina përjetoi një tragjedi të përgjakshme kur shpërtheu Lufta e Parë Ballkanike, pasi Mali i Zi, Bullgaria, Serbia dhe Greqia e sulmuan njëra pas tjetrës Perandorinë Osmane në territoret e saj të mbetura në Europë, e që kryesisht ishin të banuara në dominancë nga shqiptarë. Pasditen e 22 tetorit të vitit 1912, njësite çetnike të drejtuara nga Vojisllav Tankosiq hynë në Prishtinë dhe i hapën rrugë Armatës së Tretë të Mbretërisë së Serbisë.¹²  Trupat ushtarake të Serbisë dhe grupe paraushtarake çetnike serbe, hynë në qytetin e Prishtinës duke vrarë 5000 burra në fshatrat e Prishtinës dhe në qytet.¹³  Kjo raportohej edhe në një artikull të atij fundviti të gazetës “The New York Times” i datës 31 dhjetor 1912, ku shkruhej që në afërsi të Prishtinës u vranë 5000 njerëz, nga çetnikët dhe ushtarët serbë që i vrisnin burrat në sy të grave dhe i therrnin fëmijët me bajoneta.¹⁴      

Lufta e Parë Botërore e gjeti Prishtinën dhe tërë krahinën e Kosovës të pushtuar nga Serbia. Pas saj, ajo mbeti si pjesë e Mbretërisë Serbe-Kroate-Sllovene apo Mbretërisë së Jugosllavisë deri në vitet e Luftës së Dytë Botërore. Pas përfundimit të Luftës së Dytë Botërore, do të rihapet një periudhë e cila do të shtrihet gjatë gjithë dekadave të mbetura shekullit të XX, kur Prishtina dhe krahina e Kosovës në tërësi do të mbetet pa vullnetin politik të popullit shumicë shqiptar të saj nën regjimin komunist dhe socialist të Jugosllavisë së Titos dhe Jugosllavisë së Millosheviqit në dekadën e fundit të atij shekulli. Pas një lufte të përgjakshme nga fundviti 1997 deri në mes të vitit 1999, më 10 qershor të vitit 1999, Prishtina do të çlirohej prej forcave ushtarake, paraushtarake dhe policore të Serbisë, kur trupat e Ushtrisë Çlirimtare të Kosovës dhe trupat britanike të NATO-s u futën në qytet. Nëntë vite më pas, si kryeqendër e Kosovës, Prishtina do të bëhet edhe mirëfilli kryeqytet i një shteti, më të riut në Europë, Republikës së Kosovës.