Pas shkatërrimit të parë nga fundi i shekullit XVII, dhe pas shenjave për rizhvillim në fund të viteve 1700, Prishtina ishte shkërmoqur përsëri në mesin e shekullit XIX. Goditja e parë dhe më e fuqishme vjen në vitin 1838 nga murtaja që kishte zhdukur një pjesë të madhe të popullatës.¹  Sipas disa raporteve gati dy të tretat e gjithë popullatës së qytetit. Por, s’kishte qenë vetëm murtaja faktor për këtë valë shkatërrimi. Ndryshimet e mëdha gjeopolitike pas krijim të shteti grek në jug, e revoltës serbe në veri kishin dobësuar edhe pozitën e shqiptarëve që përbënin shumicën e popullatës në Kosovë. Gjatë vitit 1844 qyteti ishte vënë në duar të forcave të ndryshme disa herë. Së pari kryengritësit e Dervish Carës Prishtinën e kanë përfshirë në mesin e qyteteve nën kontroll të tyre.²  Disa muaj më pas, në tetor forcat e Omer Pashës së Ulqinit e kanë kthyer atë nën administrimin e Portës,³  duke ia dorëzuar Abdurrahman Pashës. Veçanërisht pas vitit 1845 kur Abdurrahman Pashë Gjinolli largohet nga pozita e kajmakamit të Prishtinë, qyteti humbet peshën e vetë politike.⁴  Në nëntor 1852 Prishtina përfundimisht kthehet nga kajmakamllëku në drejtori, duke u dobësuar tutje për nga rëndësia.⁵  Rimëkëmbjen qyteti e ka filluar vetëm në vitin 1878 kur është bërë kryeqendër e Vilajetit të Kosovës.